Структура проекта:

res/			ресурсы проекта: текстовые, xml, бинарные
	codesdb		ссылка на базу данных в линуксе // хорошо бы ее сделать платформо-независимой или убрать
sql/			скрипты для работы с базой данных

*.default		некоторые файлы конфигурации должны быть индивидуальными у каждой копии репозитория.
			В этом случае в файле *.default хранятся настройки по умолчанию или примеры с настройками.

Команда для перевода из формата .dot в формат (например) .png: dot -Tpng -o trellis.png trellis.dot

Туториал по настройке logback: http://logback.qos.ch/manual/configuration.html